決算・確定申告センター

令和7年11月19日に所得税法施行令の一部を改正する政令が公布され、通勤のため自動車などの交通用具を使用している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。

この改正は、令和7年11月20日に施行され、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当（同日前に支払われるべき通勤手当の差額として追加支給するものを除きます）について適用されます。

このため、令和7年分の年末調整で対応が必要となることがあります。

1.改正後の非課税限度額
改正後の1か月当たりの非課税限度額は、次のとおりです。

2.改正後の非課税限度額の適用
改正後の非課税限度額は、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について適用されます。
なお、次に掲げる通勤手当については、改正後の非課税限度額は適用されません。

（1）令和7年3月31日以前に支払われた通勤手当
（2）令和7年3月31日以前に支払われるべき通勤手当で同年4月1日以後に支払われるもの
（3）（1）又は（2）の通勤手当の差額として追加支給されるもの

3.課税済みの通勤手当についての精算
（1）改正前に既に支払われた通手当については、改正前の非課税限度額を適用したところで所得税及び復興特別所得税の源泉徴収が行われていますが、改正後の非課税限度額を適用した場合に過納となる税額がある場合には、本年の年末調整の際に精算することになります。
（注1）既に支払われた通勤手当が改正前の非課税限度額以下である人については、この精算の手続は不要です。
（注2）年の途中に退職した人など本年の年末調整の際に精算する機会のない人については、確定申告により精算することになります。

（2）年末調整の際における精算の具体的な手続は、次のように行います。

イ.既に改正前の非課税限度額を適用したところで所得税及び復興特別所得税の源泉徴収をした(課税された)通勤手当のうち、改正後の非課税限度額によって新たに非課税となった部分の金額を記入します。

ロ.「令和7年分給与所得に対する源泉徴収額」(以下「源泉徴収簿」といいます)の余白に「非課税となる通勤手当」と表示して、イの計算根拠及び今回の改正により新たに非課税となった部分の金額を記入します。

ハ.また、源泉徴収簿の「年末調整」欄の「給料・手当等①」欄には、「給料・手当等」欄の「総支給金額」の「計①」欄の金額からロの新たに非課税となった部分の金額を差し引いた後の金額を記入します。

ニ.以上により、改正後の非課税限度額によって新たに非課税となった部分の金額が、本年の給与総額から一括して差し引かれることになるため、その差引後の給与の総額を基にして年末調整を行います。

4.給与所得の源泉徴収票の記入
給与所得の源泉徴収票の「支払金額」欄には、非課税とされる部分の通勤手当の金額を除いた金額を記入します。
（注）年の中途に退職した人などに対し、既に給与所得の源泉徴収票を交付している場合には「支払金額」欄を訂正するとともに、「摘要」欄に「再交付」と表示した給与所得の源泉徴収票を作成し、再度交付します。
「引用:国税庁HP」